La convention collective prévoit effectivement que les périodes de maladie supérieures à trois mois consécutifs dans la période de référence sont assimilées à des périodes de travail effectif ouvrant droit aux congés payés.
La période de référence, selon votre convention collective, court du 1er juin de l’année précédente au 31 mai de l’année en cours. Ainsi, un arrêt maladie supérieur à 3 mois consécutifs sur cette période permet au salarié de conserver ses congés payés.
Néanmoins, la convention collective prévoit que l’arrêt maladie doit être supérieur à 3 mois consécutifs sur la période de référence. Ainsi, l’arrêt doit être supérieur à 3 mois consécutifs sur une même période de référence.
Dans votre cas, votre arrêt aura duré 2 mois et 11 jours sur une même période de référence (du 20 mars au 31 mai), et 25 jours sur la suivante (du 1er au 25 juin). Vous n’avez donc pas eu un arrêt de plus de trois consécutifs sur la même période de référence, vous ne devriez donc pas en principe conserver les congés correspondants à cet arrêt maladie.
Attention toutefois, pour les arrêts de travail liés à un accident du travail ou une maladie professionnelle, l’article L3141-5 du code du travail prévoit que dans ce cas, le salarié peut continuer à acquérir des congés payés durant cet arrêt, pendant une durée d’un an maximum.